通过对细胞摄入的颗粒或蛋白质结合物进行酸化，可以监测细胞摄取和内化的多种过程。颗粒和蛋白经过内化作用进入囊泡，这些囊泡相对于细胞外环境是酸性的。利用对pH敏感的荧光探针，可检测通路进程，并追踪从早期内体(pH  6.3)至溶酶体(pH  4.7)或再循环的整个过程。

吞噬作用

在吞噬作用中，细胞内化颗粒物质，如微生物，这一过程对于免疫反应和凋亡细胞清除过程非常重要。

内吞作用和胞饮作用

内吞作用是细胞内吞非蛋白质或多糖等非颗粒物质的过程。该过程对于代谢和细胞信号非常重要。荧光蛋白和有机染料是对囊泡壁和囊泡内容物进行染色的最有用的指示剂。由于囊泡pH会在内吞过程中发生改变，因此，也可利用pH指示剂检测通路的整个进程。

配体内化

配体内化是一种受体介导的内吞过程，其中如果细胞与其细胞表面上的特定受体蛋白结合，则细胞只吸收细胞外分子。配体内化是一种重要的细胞信号事件，我们可提供多种以常见受体为靶标的荧光配体。